国税庁のホームページを見ますと、次にようになります。
交通事故などのために、被害者が次のような治療費、慰謝料、損害賠償金などを受け取ったときは、これらの損害賠償金等は非課税となります。
ただし、これらの損害賠償金のうちに、その被害者の各種所得の金額の計算上必要経費に算入される金額を補てんするための金額が含まれている場合には、
その補てんされた金額に相当する部分については、各種所得の収入金額とされます。
非課税となる賠償金等
1 心身に加えられた損害について支払を受ける慰謝料など
具体的には、事故による負傷について受ける治療費や慰謝料、それに負傷して働けないことによる収益の補償をする損害賠償金などです。
ただし、治療費として受け取った金額は、医療費を補てんする金額であるため、
医療費控除を受ける場合は、支払った医療費の金額から差し引くことになります。しかし、その医療費を補てんし、なお余りがあっても他の医療費から差し引く必要はありません。
2 不法行為その他突発的な事故により資産に加えられた損害について受ける損害賠償金など
具体的には、事故による車両の破損について受ける損害賠償金などです。
しかし、損害を受けた資産が事業用の資産の場合、次のようなケースでは注意が必要です。
（1）商品の配送中の事故で使いものにならなくなった商品について損害賠償金などを受け取ったケース
棚卸資産の損害に対する損害賠償金などは、収入金額に代わる性質を持つものであり、非課税とはならず、事業所得の収入金額となります。
（2）車両が店舗に飛び込んで損害を受けた場合で、その店舗の補修期間中に仮店舗を賃借するときの賃借料の補償として損害賠償金などを受け取ったケース
この損害賠償金などは、必要経費に算入される金額を補てんするためのものであり、非課税とはならず、事業所得の収入金額となります。
（3）事故により事業用の車両を廃車とする場合で、その車両の損害について損害賠償金などを受け取ったケース
車両の損害に対する損害賠償金などは非課税となります。
ただし、車両について資産損失の金額を計算する場合は、損失額から損害賠償金などによって補てんされる部分の金額を差し引いて計算します。
なお、この場合、損害賠償金などの金額がその損失額を超えたとしても、全額が非課税となります。
3 心身または資産に加えられた損害につき支払を受ける相当の見舞金
非課税となる見舞金は、社会通念上それにふさわしい金額のものに限られます。
また、収入金額に代わる性質を持つものや役務の対価となる性質を持つものは、非課税所得から除かれます。
